Чужие против ниндзя

История начинается в средневековой Японии, когда группа наемных убийц ниндзя под руководствам Ямата и его соплеменниками Джиннамни и Незуми идет на секретное дело. Во время схватки с отрядом противником, как Ямата замечает что с неба что-то падает. Прибыв на место падения, японцы обнаруживает что местные ниндзя были убиты, а их тела разорваны на части невероятно сильным существом. Банда идет по кровавым следам, пока не объединяться с другой бандой ниндзя под руководством женщины воина Рин. Вместе они натыкаются на деревню, которую вырезали неизвестные и в живых остается только один мальчик. Но вскоре Ямата и его люди сталкиваются с чужаками, которыми оказываются пришельцами из другого мира...