Все основные события разворачиваются в бескрайних океанских просторах. Неподалеку от большого барьерного рифа живет Мерлин. Это рыбка-клоун, у которого есть озорной сын по имени Немо. Он, пожалуй, самый неугомонный ребенок в том месте, где они живут. Немо постоянно попадает в передряги и опасности, так как сует нос куда не следовало бы. Он мечтает отправиться в путешествие за пределы своего рифа, чтобы узнать, что там находится. И однажды ему выпал такой шанс. Малыш отплыл слишком далеко от дома и потерялся. Впереди его ждет много приключений, в которых его будет сопровождать новая знакомая. Это рыбка Дори, у которой есть проблемы с памятью.