Главный герой – маленький мальчик Кубо. С самых малых лет он живет только со своей мамой. Мальчик никогда не видел своего отца, и не знает, кем он является. Кубо часто просит маму рассказать о нем. Однако женщина не хочет этого. Вместо этого как-то раз она поведала ему о том, что древнее зло оказалось на свободе. Оно много лет было взаперти, но видимо что-то изменилось. Когда-то именно это зло и убило его отца. Чтобы защитить простых людей, Кубо должен отправиться на поиски утерянного оружия и доспехов, которые принадлежали его отцу. Только благодаря этой экипировке получится одержать победу над злом.