Итан Хант получает посылку, в котором лежит видео послание. В нем говорится о Соломоне Уэйне, главаря крупнейшего террористического синдиката, которого Хант в прошлом поймал. Однако это имело непредвиденные последствия. Его синдикат тайных агентов, продолжает сеять хаос во всем мире. ЦРУ ежедневно ведет охоту на агентов Уэйна, но слишком многие остаются на свободе. Сейчас члены этой террористической группировки называют себя апостолами. В их тактику входит террор за деньги, а это все усложняет. Недавняя вспышка оспы в индийском штате, это их рук дело. Под угрозой оказалась треть населения земли. Эпидемию удалось остановить. Однако теперь есть данные, что у апостолов появился клиент, который готовит более опасную операцию. Апостолы связались с представителями восточноевропейской мафии, у которых имеется плутоний, украденный у России. Целью апостолов является половина населения земли. Миссия Ханта заключается помешать апостолам добраться до плутония.