История о противостояние ордена Тамлиеров и Братства Ассассинов. После официальной казни, главный герой по имени Каллум Линч – преступник пришел в себя в таинственной лаборатории. Он узнал там, что для всего мира он умер. И теперь при помощи него хотят испытать новое устройство. Машину, которая способна считывать воспоминания предков из ДНК. Благодаря Анимусу, можно узнать, что происходило с предком Линча. Ведь его дальний родственник принадлежал к братству Ассассинов – Агиларом. Это позволит ему оказаться в тех же местах Испании, где был и предок. А происходило это 500 лет назад.