В безумной, параллельной вселенной произошел трагический конфликт, который был назван «Великой Войной». А спустя 300 лет лишь один из летающих городов смог уцелеть после нападения инопланетных существ на Землю. Прямо под парящей платформой находится мусорный город, где обитают люди и киборги. Единственное место, где человечество может выжить в условиях нынешней погоды. Властной структуры в наземном городе фактически нет. Поэтому за порядком вынуждены следить наемники. Охотники выполняют задания, получая за это деньги. В основном преобладают фабрики и заводы, которые перерабатывают мусор.
Именно на свалке, куда сбрасывают мусор оказался киборг, а точнее его останки. Гениальный ученный и доктор по имени Идо нашел роботизированную голову. Его удивил тот факт, что останки так хорошо сохранились, а мозговая деятельность все еще продолжается. Поэтому он восстановил устройство и закрепил его на теле, которое готовил когда-то для своей дочери. Когда Алита очнулась, она не могла вспомнить свое прошлое и настоящее имя. Но ее инстинкты и боевые приемы сохранились. А чтобы все узнать необходимо отправиться в опасное путешествие. Алиту ждет долгий путь.