Морфеус и его соратники узнали, что шли по ложному следу. Все происходящее еще сильнее усугубляет тот факт, что Нео находится без сознания. Он завис между реальным миром и миром «Матрицы». В своем путешествии Нео узнает много важного, и самое главное, как бороться с его заклятым врагом агентом Смитом, главой службы охраны «Матрицы». Фантастическая битва, противостояние с машинами, спасение свободных людей, и безопасность заключенных находятся в руках Нео. Он должен найти истину и спасти мир. Но ему придется пойти на жертву, и возможно даже ценной собственной жизни. А его соратники готовы пойти с ним до конца.