Власть над людьми взяли машины. Это произошло после великой войны. Людей было решено перевести в криогенное состояние. В это же время, они продолжали вести активный образ жизни, только не в реальности, а в компьютерной симуляции. Там у них были свои заботы и проблемы. Некоторые из них знают, что находятся в матрице, а большинство находится в неведенье. Нео хочет изменить ход истории. Однако в системе есть и специальные агенты - программы, которые находят нелегалов и уничтожают их. Параллельно с этим против машин воюют и другие люди, которые уже давно очнулись от анабиоза и основали свой подземный город.