Все действия и события развиваются в будущем. Главный герой – молодой парень по имени Томас Андерсон. Он ведет двойной образ жизни. Ведь днем он является самым простым сотрудником крупной фирмы, а ночью парень занимается хакерством под псевдонимом Нео. Однажды герой получил загадочное сообщение в интернете от Морфиуса, в котором было сказано, что он увяз в матрице. Однако Томас ничего не понял и решил, что это какая-то шутка. Но в дальнейшем слова из загадочного письма начали обретать смысл. И в итоге герой понял, что он находится в компьютерной программе. А весь его мир, и окружающие его строения — это лишь симуляция.